En septembre Jean-François est envoyé à l'école de Figeac, mais il n'est pas bon élève. L'abbé Calmels lui sert de professeur, comme à son frère, il lui enseigne la botanique, la géologie, le latin et le grec.

Puis en 1801, au début de l'année, Jean-François est en partance pour Grenoble. Il y retrouve son frère en mars. Un professeur particulier travaille à combler ses lacunes scolaires et à l'automne 1801 Jean-François rentre dans l'institution de l'abbé Dussert. En décembre, il a l'autorisation d'étudier l'hébreu. Le but de cet apprentissage est la lecture de l'Ancien Testament.

En avril 1802 à Grenoble, Bonaparte nomme un nouveau préfet Joseph Fourrier, il a participé à la campagne d'Egypte en temps que physicien et mathématicien. Ce fait va rapprocher les frères de l'Egypte.

Puis en 1803 il étudie trois autres langues l'arabe, le cyrillique et le chaldéen (ou l'arménien).

En 1804, Jean-François écrit "Remarques sur la fable des géants" c'est un travail sur la mythologie grec, déjà à cette époque il recherche en Orient et en Egypte l'étymologie des noms propres qui se trouve dans les mythes grecs. Jacques-Joseph fait une communication sur la pierre de Rosette.
Le 20 novembre Jean-François entre dans un nouveau lycée créé par Bonaparte. Durant ses trois années il étudie une grammaire chinoise, arabe et éthiopienne.

En 1806 Jean-François est décidé à étudier l'Egypte ancienne il dit " De tous les peuples que j'aime le mieux, je vous avouerai qu'aucun ne balance les Egyptiens dans mon cœur " Au cours de ses trois années il rencontre un moine copte revenu d'Egypte, celui-ci lui donne des indications sur l'étude du copte. Il s'intéresse également à la chronologie des dynasties égyptiennes. Jean-François réalise également des cartes et un dictionnaire géographique de l'Orient.

Le 1er septembre 1807, Jean-François présente cet écrit à la société des sciences et des arts de Grenoble, six mois plus tard il y est élu membre correspondant.

Le 7 mars 1809 Jean-François écrit à son frère " Je veux savoir l'égyptien comme mon français ". L'objectif de Jean-François est de maîtriser le copte pour déchiffrer la langue de l'Egypte ancienne, il va rédiger un dictionnaire en copte. Et dans le même temps il étudie la pierre de Rosette, mais cette étude se fait sur des copies il ne partira pas en Angleterre pour travailler sur l'originale. Ce fait marque le début de l'égyptologie en 1809.
En octobre Jacques-Joseph fait nommer son frère professeur adjoint d'histoire ancienne.

En janvier 1810 les deux frères sont nommés docteurs ès lettres.

En 1816 les deux frères sont de retour à Figeac, contraints forcés.
Puis, le 21 octobre 1817 Jean-François retourne à Grenoble pour y poursuivre ses recherches.
En 1818 il retrouve un poste à la bibliothèque et un poste de professeur d'histoire. Et le 30 décembre il épouse Rosine Blanc fille d'un gantier de Grenoble. Le 19 août il présente à l'Académie Delphinale "Quelques hiroglyphes de la pierre Rosette ".

En 1821 des troubles éclatent et contraignent Jean-François à quitter Grenoble. Le 11 juillet il monte sur Paris pour se consacrer à l'étude de l'Egypte.
Le 27 août son mémoire sur l'écriture hiératique est lu à l'Académie des inscriptions et belles lettres. Dans ce mémoire il met en évidence le fait que l'écriture hiératique (écriture cursive) et en relation avec l'écriture hiéroglyphiques.
Mais c'est en septembre 1822 que Jean-François comprit le système des hiéroglyphes. Grâce aux noms de Ptolémée et de Cléopâtre. Champollion découvre qu'il existe un alphabet, mais surtout il comprit que les hiéroglyphes se composent : en idéogramme, en signes phonétiques possédant un, deux ou trois sons. Il a précédemment découvert la présence de déterminatif, ce signe permet d'associer un mot à un champ lexical.
Le même jour, il écrit à son frère "Je tiens l'affaire". Le 22 septembre c'est la lettre à M Dacier, secrétaire perpétuel de l'Académie des inscriptions et belles lettres, relative à l'alphabet des hiéroglyphes phonétiques employés par les Egyptiens pour inscrire sur leurs monuments les titres, les noms et les surnoms des souverains grecs et romains.

Avec son ami Jean-Joseph Dubois, Jean-François publie de 1823 à1831 quinze ouvrages sous le titre "Le panthéon égyptien". Dans lesquels on peut lire les légendes des divinités. En 1824 il publie "Précis du système hiéroglyphique des anciens Egyptiens". Le 1 mars Jean-François est papa d'une petite Zoraïde, le seul est unique enfant que lui donnera Rosine. Le 7 juin il arrive en Italie à Turin.
La période passée en Italie par Champollion est consacrée à l'étude des papyrus. A son arrivé Jean-François ne compte pas rester très longtemps à Turin, mais il en part une année plus tard.

Le 15 juin 1825 Jean-François est reçu par le pape Léon XII.
De passage à Livourne, Jean-François remarque une collection d'antiquités égyptiennes mise en vente par le consul anglais Henry Salt. A la demande de Champollion, Charles X achète la collection, et du 15 mars jusqu'à mi-juillet l'Egyptologue est chargé de superviser le retour en France de celle-ci.
Le 15 mai, Champollion est nommé conservateur du musée du Louvre par Charles X. Il est chargé de la fondation du département égyptien et de l'enseignement de l'archéologie égyptienne.

Le 30 octobre 1926 Champollion, Zoraïde et Rosine quittent Grenoble pour Paris.

Le 15 décembre 1927 Champollion aidé de Dubois, Rosellini et du dessinateur Nestor l'Hôte, publie "Notice descriptive des monuments égyptiens du musée Charles X".

Le 26 avril 1828 Charles X accord à Champollion le droit de partir pour l'Egypte en voyage d'étude. Puis le 31 juillet à midi l'équipe de Champollion, composé de la commission française : Nestor l'Hôte dessinateur, Duchesne peintre, Lehoux et Bertin deux élèves peintres et de la commission italienne : Alessandro dessinateur et médecin, Giuseppe Raddi naturiste, Giuseppe Angelelli peintre, Cherubini dessinateur et Rosellini architecte est responsable du groupe italien, prend la mer pour l'Egypte.
Il part de Toulon, avec la corvette Eglé placé sous le commandement de Cosmao-Dumanoir. Dix-sept jours plus tard notre déchiffreur foule la terre d'Egypte.
Le 24 août Drovetti présente l'équipe à Méhémet ali le Pacha. Le 15 septembre, c'est son premier contact avec le Nil.
Champollion va passer dix-sept mois en Egypte. Le 20 novembre, il atteint Thébes. Puis de retour de Nubie il s'arrête à Karnak où il étudie de mars à septembre.

Puis le 5 mars 1830 Champollion est de retour à Paris. Il se met au travail pour rédiger la "Grammaire égyptienne".
Le 12 mars il enseigne à nouveau, l'archéologie au Collège de France.
Le 7 mai il est nommé à l'Académie des inscriptions et des belles lettres.

Mais le 13 décembre 1831 il a une attaque, suivie d'une deuxième le 13 janvier 1832. Il s'éteint âgé de 41 ans le 4 mars 1832. Son frère Jacques-Joseph se charge d'éditer la "Grammaire égyptienne", le dictionnaire égyptien en écriture hiéroglyphique et les monuments de l'Egypte et de la Nubie.
Son frère meurt en 1867.