La transcription des phonèmes peut être transcrite par une ou plusieurs lettres et la transcription des sons n’est que rarement la mise en correspondance d'un phonème et d'une lettre.

Un phonème unique peut être marqué par une lettre, deux lettres ou même trois lettres.

Exemples : le phonème "o" est marqué par o dans pot, par au dans Pau, par eau dans peau. Le phonème f peut correspondre à la lettre f, à la double lettre ff ou à ph (philologie). Le phonème v est dans la majorité des cas représenté à l'écrit par la lettre v (valise), mais il peut aussi, quoique rarement, s'écrire w (wallon). Le e ouvert peut être transcrit par è (prière), e (mer), é (pénalité), ê (trêve), ë (Noël), ei (neige) ou encore ai (plaire). Certains phonèmes, comme ou et ch, ne peuvent être transcrits que par un groupe de deux lettres (ou); (ch, sh; et sc dans fascisme). Le phonème ch peut également être retranscrit par un trigramme (schisme).

Une lettre unique peut correspondre à deux phonèmes, comme x, qui retranscrit ks dans fax, axe et gz dans exercice, examen. Le phonème ks peut en outre être retranscrit par cc (accéder) ou par xc (exciter).

Un certain nombre de lettres ne correspond à la retranscription d'aucun phonème. Elles ne sont pas audibles mais jouent un rôle essentiel à l’écrit car elles apportent l’indication du genre ou du nombre. Grâce aux liaisons, elles sont cependant perceptibles devant une voyelle (de gentils épagneuls) ou un h muet (de belles histoires). Le pluriel des noms et des adjectifs est indiqué à l'écrit la plupart du temps par -s (manèges), sauf pour les mots qui se terminent déjà au singulier par -s, -x, ou -z (près, poix, raz). Le pluriel des noms en -au, -eau et -eu est en -x (tuyaux, seaux, neveux). Celui des noms en -ou est marqué régulièrement par -s (clous) sauf sept noms marqués par -x (bijoux, cailloux, choux, genoux, hiboux, joujoux et poux) que l’on retient par la phrase mnémotechnique : Viens mon chou sur mes genoux avec tes joujoux et tes bijoux. Emporte des cailloux pour lancer sur les hiboux pleins de poux .

Pour ce qui est des verbes, on peut voir le même phénomène pour ce qui est des formes verbales. Le s de parles, parlas, parlais, parleras, parlerais est une caractéristique de la deuxième personne du singulier (avec Tu toujours s). La distinction entre le passé simple parlas et l'imparfait parlais est audible alors que la différence entre parlai et parlais n'est marquée qu'à l'écrit. Les mêmes remarques s’appliquent à l’indicatif futur et au conditionnel présent que l’on ne peut distinguer qu’à l’écrit.

Certaines lettres qui apparaissent à l'écrit ne se prononcent pas à l'oral. On parle alors de lettres muettes. Elles n'ont aucune raison d’être si ce n’est l’évolution historique du mot. Nous connaissons tous le e muet final sans qu’il n’ait comme fonction d'indiquer la forme féminine (le foie), le h, qui joue parfois un rôle dans les phénomènes de liaison et d'élision : le h dit muet (homme, histoire) et non dans le cas du h dit aspiré (hérisson, hêtre). Les lettres muettes peuvent aussi se trouver au centre des mots : (compter, scène), ou en finale de mot (banc, poing, poids, temps, long, court, dont, petit, grand, haut, choix, assez, vingt, cent, galop, plomb, enfant, fonds, puis, puits, mois, mort).

Certaines consonnes doubles retranscrivent un phonème simple : (abbaye, accabler, addition, affaire, agglutiner, akkadien, illégal, emmener, ennemi, apparaître, arrêter, asseoir, attendre), mais le redoublement du b (abbé, abbatiale), du d (additif, adduction), du g (aggraver, agglomérer) est rare, celui de k, j , v, et z est exceptionnel et limité à des emprunts à des langues étrangères, et celui de q, x et w impossible. Il y a par contre peu de redoublement de voyelles (alcool).

L'orthographe permet également de distinguer entre eux des mots homophones (sot, seau, saut, sceau; thym, teint, tain; vers, vert, verre, ver; signe, cygne…).