Tél : 06-14-80-29-53 

Mél : jduartefr@yahoo.fr
    ou jorge.duarte@caramail.com

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FORMATION

enseignements :

(1/4)biologie : génomique (cartographie, séquençage, transcriptome, protéome), bioanalyse (analyse de séquences, modélisation moléculaire) 
(1/2) informatique : système (Linux), programmation (C, PHP, SQL, JAVA), algorithmique (TDA) 
(1/4) statistiques : prédiction de gènes (HMM), comparaison de séquences (BLAST, FASTA, CLUSTAL, ...), évolution/phylogénie

contact : Hélène Dauchel

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EXPERIENCES

PROFESSIONNELLES

• à l' ENS de Lyon , dans l'équipe de V. Laudet, Structure et Evolution des Récepteurs Nucléaires , en collaboration avec le PBIL (Pôle Bio-Informatique Lyonnais)
• conception d'une base de données de référence sur les récepteurs nucléaires : NUREBASE  
• contenu : séquences annotées, alignements protéiques, phylogénies, et transcrits alternatifs 
• accès : 
• FamFetch : interface telechargeable en local (JAVA) 

(adaptation a la famille des récepteurs nucléaires en collaboration avec G. Perrière)
• WWW-Query : interrogation de bases de données sur internet (ACNUC)

(addition d'annotations spécifiques dans les séquences permettant des requêtes élaborées)
• mise a jour : 
• NUREBASE : base de données expertisée mise a jour manuellement

(expertise biologique sur les alignements multiples, la taxonomie, les phylogénies et les transcrits alternatifs)
• NUREBASE_DAILY : mise a jour automatique journalière (C et C-shell)

(analyse synthaxique de fichiers texte : sortie de BLAST, formats CLUSTALW et PHYLIP, formats Genbank, EMBL et Swissprot)
• encadrement, contact : Marc Robinson-Rechavi  
 

• assemblage de séquences nucléotidiques chevauchantes en contigs 

langages C (algorithme d'assemblage), JAVA (interface) : AConTIG
(programmation dynamique, graphes, algorithmes d'arbre recouvrant de poids minimum et de Multaline)
• encadrement, contact : Laurent Mouchard
 

• Station expérimentale INRA de Pech Rouge, Narbonne 

Etude de l'effet de la solarisation sur la vigne 
(bibliographie sur les polyphénols, bioinformatique et statistiques)

• systèmes : Linux, UNIX, Mac OS, Windows 
• langages : Turbo-Pascal (5 ans), C et C-shell (2 ans), Perl, HTML, SQL, PHP, JAVA 

• logiciels : Blast, Clustal, Seaview, Phylo_win 
• serveurs : NCBI, PBIL, EMBL, INFOBIOGEN 
• statistiques : Statgraphics, Uniwin, Splus, SigmaPlot

• extraction d'ARNm, northern, southern, western, séquençage, PCR, transfection de cellules de Drosophile

• Anglais (pratique professionnelle regulière) 
• Portugais(langue maternelle) 
• Italien (lu, parlé) 

• JOBIM 2001 (Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathematique) à Toulouse 
• JPGD 2002 (Journées Post-Genomique de la Doua) à Lyon (présentation ) 
• JOBIM 2002 à St Malo ( resumé et poster ) 

• Duarte J, Perrière G, Laudet V, Robinson-Rechavi M. 

"NUREBASE: database of nuclear hormone receptors" 
Nucleic Acids Res. 2002 Jan 1;30(1):364-8 . 
• A venir : "Détection et classification automatique de transcripts alternatifs de récepteurs nucléaires"

• Pratique du rugby en club. 
• Titulaire du B.N.P.S. (Brevet National des Premiers Secours).
• Vice-Président de l'A.J.A.C. (Association des Jeunes Actifs du Colombier)

AUTRES

EXPERIENCES