Ganymède présente un faible champ magnétique. Le champ magnétique est généralement engendré par des phénomènes de convection ayant lieu dans les noyaux ferreux des planètes. Ce phénomène ne peut se produire dans Ganymède, du fait que ce satellite est trop peu massif et que par conséquent son intérieur est trop peu chauffé.

Le champ détecté autour de Ganymède étant peu intense, il s’agirait d’un magnétisme fossile, apparu lors de la formation du satellite. Ce champ serait généré de la même manière que le champ magnétique d’un aimant.